Passo 1:

Em sua página .aspx, crie a seguinte função:

function nomeFuncaoJavascript() {
                $.ajax({
                    type: "POST",
                    url: 'nomePagina.aspx/nomeFuncaoChamada',
                    data: "",
                    contentType: "application/json; charset=utf-8",
                    dataType: "json"                    
                });
            }

No trecho acima, a linha url contém o nome da página .aspx que contém a função que será chamada e, após a barra, o nome da função C# que será chamada, sem o parêntesis.

PASSO 2:

Na página .CS, crie uma função através de um WEBMETHOD, da seguinte forma:

[WebMethod]
        public static void nomeFuncaoChamada()
{
            //códigos da função...
}

Observação: caso você precise passar algum parâmetro para a função C#, basta configurar a função para receber este dado, por exemplo:

[WebMethod]
public static void nomeFuncaoChamada(string nomeSite)
{
            //códigos da função...
}

Então o parâmetro nomeSite será passado através do campo data da função Javascript, da seguinte forma:

function nomeFuncaoJavascript() {
                $.ajax({
                    type: "POST",
                    url: 'nomePagina.aspx/nomeFuncaoChamada',
                    data: "{nomeSite: 'Contém Bits'}",
                    contentType: "application/json; charset=utf-8",
                    dataType: "json"                    
                });
            }

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