Quando utilizamos Master Pages e, consequentemente Content Pages, os IDs dos elementos passam a ser sempre diferentes dos IDs que definimos nos códigos. Isso acontece porque podemos ter mais de um ContentPlaceHolder com elementos possuindo o mesmo ID. Neste caso, para evitar conflitos, o sistema considerará também o nome dos ContentPlaceHolders no ID do elemento final. Vamos a um exemplo para deixar bem claro:
Imaginando uma Master Page com um ContentPlaceHolder chamado "cph_Principal" e dentro dele uma ContentPage com um elemento de ID 'Titulo'. O ID final deste componente será:
cphPrincipal_Titulo
Percebam que o código vai concatenar o ID do ContentPlaceHolder com o ID do elemento. Sendo assim, caso queira que seu Javascript manipule este componente, por exemplo escrevendo nele, deverá configurar o comando JS da seguinte forma:
document.getElementById("cphPrincipal_Titulo").innerHTML = "Contém Bits";
Agora o componente será corretamente capturado e terá o valor "Contém Bits".
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