Não conseguir inserir acentos em palavras dentro dos alerts do Javascript é um problema bastante comum, mas a solução para isso é simples. Basta efetuar a substituição do caractere com acento pelo seu correspondente, de acordo com a tabela abaixo:
á = \u00e1
à = \u00e0
â = \u00e2
ã = \u00e3
ä = \u00e4
Á = \u00c1
À = \u00c0
 = \u00c2
à = \u00c3
Ä = \u00c4
é = \u00e9
è = \u00e8
ê = \u00ea
ê = \u00ea
É = \u00c9
È = \u00c8
Ê = \u00ca
Ë = \u00cb
í = \u00ed
ì = \u00ec
î = \u00ee
ï = \u00ef
Í = \u00cd
Ì = \u00cc
Î = \u00ce
Ï = \u00cf
ó = \u00f3
ò = \u00f2
ô = \u00f4
õ = \u00f5
ö = \u00f6
Ó = \u00d3
Ò = \u00d2
Ô = \u00d4
Õ = \u00d5
Ö = \u00d6
ú = \u00fa
ù = \u00f9
û = \u00fb
ü = \u00fc
Ú = \u00da
Ù = \u00d9
Û = \u00db
ç = \u00e7
Ç = \u00c7
ñ = \u00f1
Ñ = \u00d1
& = \u0026
' = \u0027
Exemplo: caso queira escrever a palavra "Atenção", seu comando alert ficaria da seguinte forma:
alert("Aten\u00e7\u00e3o");
Outras dicas de Javascript
Bloqueando acentos e caracteres especiais
Bloqueando o botão direito do mouse
Contando palavras em Javascript
Diferenças entre window.location.href e top.location.href
Executando funções Javascript ou jQuery automaticamente durante o carregamento da página
Impedindo seleção de textos
innerText no Firefox
Javascript aguardando para chamar outra função
Recarregando a página em Javascript
Redirecionando após uma mensagem (alert)
Redirecionando em Javascript
Retornando à página anterior
Tabela de acentos em Javascript
Validando datas
Verificando se uma variável Javascript é nula ou está vazia
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